В сентябре климат в Шеки можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 19 градусов тепла. В среднем в сентябре в Шеки 24 ясных, 4 с переменной облачностью и 2 дождливых дня. Дожди преимущественно умеренные.