В июне климат в Панаджи можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 28 градусов тепла. В среднем в июне в Панаджи 27 дождливых, 2 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в июле, августе и сентябре Панаджи cчитается местом, некомфортным для посещения.