В сентябре климат в Мегионе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Мегионе 13 дождливых, 8 пасмурных, 7 с переменной облачностью и 2 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, ноябре и декабре Мегион cчитается местом, некомфортным для посещения.