В июне климат в Жабоатан-дус-Гуарарапес можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 26 градусов тепла. В среднем в июне в Жабоатан-дус-Гуарарапес 17 дождливых и 13 ясных дней. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Жабоатан-дус-Гуарарапес cчитается местом, некомфортным для посещения.